Am Zentrum für Protonentherapie des Paul Scherrer Instituts wurden seit 1996 bis heute mehr als 2300 Patientinnen und Patienten mit tief im Körper liegenden Tumoren (Hirn-, Schädelbasis- und Wirbelsäulentumoren sowie Sarkomen) behandelt, davon über 840 Kinder und Jugendliche.
Patientinnen und Patienten mit Tumoren am Auge werden am ZPT des PSI sogar schon seit 1984 mit Protonen bestrahlt. Mit über 8000 Augentumorbehandlungen gehört das PSI zu den Zentren, die die grösste Erfahrung in der Bekämpfung dieser seltenen Krankheit weltweit haben.